PERUCOMPITE está conformado por el Consejo Directivo, la Secretaría Técnica y el Grupo de Consulta.

El Consejo Directivo está integrado por:

• El Ministro de Economía y Finanzas, o su representante, quien lo preside
• El Presidente del Consejo de Ministros, o su representante
• El Ministro de la Producción, o su representante.
• El Ministro de Comercio Exterior y Turismo, o su representante
• Un representante de los Alcaldes
• Un representante de la Confederación Nacional de Instituciones Empresariales Privadas (CONFIEP)
• Director Ejecutivo del Consejo Nacional de la Competividad

El Presidente del Consejo Directivo designa a uno de los miembros como Vicepresidente del Consejo Directivo, para que en su ausencia lo reemplace, pudiendo delegarle sus funciones. El Director Ejecutivo será designado o removido a propuesta de los miembros del Consejo Directivo.

La Secretaría Técnica es el órgano ejecutivo del CNC y actualmente se encuentra a cargo de su Directora Ejecutiva, Sandra Doig Díaz.  En un inicio la Secretaría Técnica facilitó y participó del diseño del Plan Nacional de Competitividad. Luego ello sus funciones se encuentran orientadas a proponer las medidas normativas necesarias para alcanzar los objetivos, polítivas y metas tentativas trazadas en el Plan; así como a liderar su ejecución en coordinación con los agentes clave involucrados, y prestar soporte técnico, administrativo y legal al CNC para el cumplimiento de sus objetivos.

Los Grupos Consultivos o Técnicos tendrán como finalidad asesorar en la formulación de estrategias y políticas que promuevan la competitividad, así como en la coordinación de la implementación del Plan.  Estarán conformados por miembros del sector público, privado y academia-investigación, cuya participación sea relevante al tema y será ad-honorem. La coordinación de los Grupos Consultivos y/o Técnicos estarán a cargo de la Secretaría Técnica.